Fransiskus Xaverius lahir pada tahun 1506. Ia berasal dari keluarga bangsawan Juan de Jassu, dari Navarra, Spanyol. Ayahnya adalah pejabat tinggi kerajaan dan meninggal tahun 1515. Ibunya adalah seorang ibu yang penuh cinta kepada empat anak mereka. Fransisco de Jassuy de Javier, nama asli Fransisius Xaverius dan ia adalah anak bungsu.
Bulan September 1525, saat usia 19 tahun, Fransiskus pergi ke Perancis untuk meneruskan studi. Sebelum berangkat, ia menghadap Uskup Pamplona, dengan harapan bisa menjadi imam di Navarra setelah ia kembali dari studinya.
Suatu hari, Ignatius teman kuliah, yang giat belajar, berdoa dan berbuat kesalehan bertanya kepada Fransiskus: “Apalah gunanya kalau seorang manusia mendapatkan seluruh dunia namun kehilangan nyawanya?” Mendengar itu, segala impian keduniaan Fransiskus runtuh dan mengubah jalan pikirannya untuk mengabdikan hidup dan ilmunya bagi pelayanan kepada Allah dan orang miskin.
Fransiskus bertolak dari Lizabon pada April 1541 dan tiba di Goa tanggal 6 Mei 1542. Ia mendapatkan di sana orang-orang Kristiani yang tidak terurus, akibat kurangnya tenaga rohaniwan. Lagi pula mereka hidup melarat. Melihat itu Fransiskus membantu mereka untuk meretas belenggu kemiskinan jasmani, membebaskan diri dari penyakit lahir batin dan mengajar tentang Allah dan keselamatan-Nya.  Ia mengajar anak-anak agar menjadi pandai, dan orang-orang tua agar menjadi lebih bijaksana. Didirikannya rumah sakit dan sekolah pula.
Dari Goa ia berlayar ke Sailan, yang dihuni suku Parava. Pada tahun 1543 Frasiskus kembali ke Goa untuk mengucapkan kaul terakhir dalam Serikat Yesus.Tahun 1545 Fransiskus tiba di Malaka. Ia tinggal selama lima bulan di sana. Seperti di tengah suku Tamil sebelumnya, di situ pun ia mulai mengajar, merawat orang sakit, mendengarkan pengakuan dan merayakan ekaristi.
Pada bulan Januari 1546, ia berlayar ke Ambon, Ternate, Morotai di Indonesia Bagian Timur. Ia mengunjungi perkampungan nelayan yang kumuh untuk mewartakan kabar suka cita. Setelah itu ia kembali ke Malaka, dan pada bulan Januari 1548 ia tiba di Goa.